Обыкновенное явление для Нивы. Не вижу смысла для переживаний.
От двигателя до главной пары, хоть заднего моста, хоть переднего, имеется куча шлицевых соединений, которые и дают указанные стуки.
Кстати, выше уже сказано про уазик, на УАЗе аналогичные шлицевые соединения исполнены в Ульяновске не в пример лучше, чем на ВАЗе, о чем неоднократно писалось в автомобильной и около периодике, примеров и ссылок к сожалению привести не могу: давно читал, не помню уже где именно, НИВУ юзал в качестве рабочей машины вдоль и поперек, проще сказать куда не ездил, у брата был УАЗ, ездил на нем на охоты, так, что было с чем сравнивать...