Так а что с хлоргесидином? Протирали? Помогло?
Стафилококк - условно-патогенная микрофлора, т.е. она везде, но свое патогенное воздействие (т.е. развитие заболевания) он оказывает при снижении иммунитета. Можете сделать смыв с ваших рук - и он там тоже будет. Лечение абстрактного стафилококка - это выкачивание денег с хозов. Вопрос в том какой, и где! Если St.epidermaticus найдут на слизистой - то это, так сказать, не типичное место его обитания, и там он может оказать патогенное воздействие. Если St.haemolyticus - то тоже ничего хорошего ждать не приходится. Но сдавать анализы имеет смыст с подтитровкой на антибиотики, т.е. будет указано к каким антибиотикам данный штамм устойчив, а к каким нет.
А вообще, если щен весь чешется, то это ибо аллергия, лбо блохи. От блох - надо пропылесосевать квартиру регулятно, особенно дальние пыльные углы под диванами, ковры и пр. не менее, чем на 40 см от пола + влажная уборка. Если аллергия - надо выяснять на что. С аллергией не глядя советовать ничего не буду - это все равно, что зубы по телефону лечить.
Но все-таки начните с простого - попротирайте хлоргексидином. Может просто нежную щенячью шкуру об сухую острую траву наколол, грязь занес...